TESTS THAT ARE BEING USED TO DIAGNOSE THE COVID - 19 INFECTION , THEIR COST AND EFFICACY.

Diagnosis  of  covid - 19  infection  may  be  broadly  divided  into  two  categories  that  are  now  a  days  used  world  wide.

• Molecular  Tests :  collections  of  techniques  used  to  analyse  biological  markers  in  the  genome  and  proteome - the  individuals  genetic  code  and  how  their  cells  expresses  their  genes  as  proteins. Real  Time  Reverse  Transcription  PCR  is  the  one  such  molecular  test  that  is  used  to  diagnose  the  covid - 19  infection.

• Serological  Tests :  tests  usually  refers  to  the  diagnosis  identification  of  antibodies  in  the  serum  and  these  antibodies  are  typically  formed  in  the  response  to  an  infection , against  others  foreign  proteins , or  to  own  bodies  proteins. Rapid  Diagnosis  Test ( RDT )  Kits  are  used  to  diagnose  the  covid - 19  infection.

REAL TIME REVERSE TRANSCRIPTION PCR TEST : 

It  is  known  as  RT - PCR  because  this  PCR  uses  an  enzyme  called  as  Reverse  Transcriptase  that  carries  out  Reverse  Transcription  by  converting  RNA  into  DNA  which  is  just  reverse  of  Transcription  and  that  is  the  principle  over  which  the  diagnosis  of  covid - 19  infection  via  RT - PCR  is  based  on. This  RT - PCR  can  be  run  into  real  time  for  Quantification  of  PCR  product  that  why  its  together  known  as  Real  Time  RT - PCR.

• Specimen  is  first  collected  from  infected  patients  which  includes  Nasopharyngeal , Oropharyngeal  Swab , Sputum , Broncoalveolar  lavage  and  Faeces  too. After  collection  of  specimen  Lysis  Buffer  is  added  in  the  specimen  containing  virus  in  order  to  extract  the  viral  RNA  as  the  subjective  pathogen  is  a  ss - RNA  virus.
• RNA  is  than  purified  from  specimen  using  a  Spin  which  contains  stationary  Silica  matrix , so  when  sample  is  allowed  to  pass  through  the  spin  column  RNA  molecules  gets  attached  to  the  silica  matrix. After  that  Elution  Buffer  is  added  to  spin  column  in  order  to  remove  the  RNA  from  silica  matrix  to  further  proceed  the  diagnosis  process  ahead.
• Separated  free  RNA  molecules  are  than  added  to  the  Master  Buffer  that  contains  Reverse  Transcriptase , DNA  Polymerase , Primers , dNTPs , and  TaqMan  probe  which  contains    quencher  and  reporter  dye  attached  to  it , this  is  followed  by  loading  the  reaction  mixture  in  the  PCR  plate  which  is  than  placed  in  the  PCR  Thermocycler  machine.
• This  allows  the  amplification  of  the  desired  target  sites  for  which  we  are  looking  in  like  RdRp  gene , E  gene , N  gene  in  case  of  Coronavirus , which  is  done  by  first  Reverse  Transcription  by  recruitment  of  Reverse  Transcriptase  resulting  in  the  DNA  strand  synthesis  complementary  to  RNA  strand.
• RNA - DNA  hybrid  is  denatured  which  is  the  initial  step  of  PCR  and  carried  out  at  95  degree  celsius  followed  by  annealing  which  includes  attachment  of  primer  at  3  prime  end  of  the  DNA  and  carried  out  at  58  degree  celsius , DNA  polymerase  is  than  recruited  on  the  DNA - Primer  junction  to  extend  primer  in  order  to  synthesized  ds - DNA  and  is  the  last  step  of  the  PCR  which  is  Extension.
• In  the  next  PCR  cycle  this  ds - DNA  is  than  denatured  followed  by  attachment  of  forward  and  backward  primers  on  the  different  strands  of  the  denatured  DNA , on  the  other  TaqMan  probe  binds  to  target  site  simultaneously  and  when  DNA  polymerase  reaches  to  TaqMan  probe  it  results  in  separation  of  reporter  from  quencher  and  reporter  dye  emits  fluorescence  indicating  presence  of  SARS - CoV - 2.

COST OF TEST :   Around  4,500  rupees  for  single  test.

TIME TAKEN :  4 - 6  hours.

EFFICACY :  Most  accurate  for  covid - 19  infection  and  has  excellent  efficacy.

RAPID DIAGNOSIS TEST KITS :

The  covid - 19  Rapid  Diagnosis  Test  kit  is  a  Qualitative  Lateral  Flow  Immunoassay  for  the  simultaneous  detection  of  IgM  and  IgG  antibodies  to  SARS - CoV - 2  in  the  whole  blood , serum or  plasma.

• The  test  cassette  contains  recombinant  SARS - CoV - 2  antigen  conjugated  to  coloured  particles. when  a  specimen  is  added  to  the  sample  well  of  the  cassette , any  IgM  and  IgG  present  in  the  specimen  will  bind  to  the  antigen  conjugate , forming  coloured  coronavirus  antigen - antibody  complexes. This  mixture  migrates  laterally  along  the  membrane  to  the  test  region. In  this  test  region , anti - human  IgG  have  been  immobilised  onto  the  membrane. These  capture  any  IgM  and  IgG  complexes  that  have  formed , resulting  in  the  appearance  of  coloured  lines.
• Therefore  if  the  specimen  contains  SARS - CoV - 2  IgM  antibodies , a  coloured  line  will  appear  in  the  IgM  test  line  region. If  the  specimen  contains  SARS - CoV- 2  IgG  antibodies , a  coloured  line  will  appear  in  the  IgG  test  region. 
• To  serve  as  an  internal  control , a  coloured  line  will  always  appear  in  the  control  line  region , indicating  that  the  proper  volume  of  specimen  and  buffer  has  been  added , and  correct  procedure  has  been  followed.

COST OF KIT :  450  as  per  ICMR  guideline.

TIME TAKEN :  10 - 15  minutes.

EFFICACY :  34 % - 80 %  efficacy  and  specific  IgM  antibodies  to  SARS - CoV - 2  become  detectable  in  3 - 5 days  after  onset  of  symptoms. On  the  other  hands  the  covid  testing  via  real  time  RT - PCR  can  be  done  from  the  day  of  symptoms  appear.